» 現場に登場した新しいマシン

左から右へ: 組織病理学コアディレクター Kenneth Kim、Dipl. ACVP、次世代シーケンシングコアディレクター、Suzie Alarcón、顕微鏡および組織学コアディレクター、Zbigniew Mitolski、Ph.D. 画像クレジット: Matthew Ellenbogen、ラホーヤ免疫学研究所

カリフォルニア州ラホヤ—ラホヤ免疫学研究所（LJI）の研究室からのすべての科学論文の背後には、LJI の研究サービスの高度な技術を持つ科学者チームが存在します。 これらの研究「コア」は、LJI 研究者と研究所の多くの研究パートナーに貴重なツールと非常に専門的な専門知識を提供します。

そのため、この秋、次世代シーケンスコアディレクターのスージー・アラルコン氏、顕微鏡・組織学コアディレクターのズビグネフ・ミクルスキー博士、および組織病理学コアディレクターのケネス・キム博士が就任したことは大きな出来事でした。 ACVP は、LJI にまったく新しいサービスである Nanostring GeoMx DSP を提供するために提携しました。

この SF サウンドのマシンを使用すると、研究者は空間トランスクリプトミクスと呼ばれる急速に進化する免疫学の分野を詳しく調べることができます。

空間的な部分がわかりやすい。 科学者は、病気のプロセスがどこで起こっているか、つまりどの組織、およびそれらの組織のどの領域が自己免疫疾患やウイルスなどの影響を受けているかを知る必要があります。キムとミクルスキーは、この種の組織の画像化と分析の専門家です。 組織病理学者であるキムは、ピンクがかった/紫色の染色 (H&E 染色と呼ばれる) を使用して、組織内の細胞の種類を互いに区別します。 顕微鏡および組織学のミクルスキー氏の同僚は、多くの場合、蛍光タンパク質やタグを追加して、細胞の画像やビデオを撮影する方法を開発しています。

Kim が説明するように、Nanostring GeoMx DSP は研究所にとって大きな進歩です。 この機械は、研究者がより大きな組織サンプル内で免疫細胞が活動している特定の領域に焦点を当てるのに役立ちます。 「組織サンプルを扱うときは、世界全体の低解像度のビューから始めるようなものです」とキム氏は言います。 「ここの研究室がやりたいのは、近所を見回ることだけです。」

疾患プロセスを探す場所を絞り込むと、次世代シーケンス コアのアラルコンのチームは、Nanostring GeoMx DSP を使用して、免疫細胞が何をしているかを正確に分析できます。 これは、この研究の「トランスクリプトミクス」または「プロテオミクス」の部分です。

細胞はゲノムを大きな命令セットのように実際には使用しません。 代わりに、細胞内の機構が必要に応じて選択された遺伝子を活性化します。 細胞はこれらの遺伝子を読み取り、特定のタンパク質を構築するために必要な RNA コードに遺伝子を「転写」します。 したがって、「トランスクリプトーム」は、細胞が実際に使用している一連のゲノム配列を記述します。

たとえば、健康な肺の T 細胞のトランスクリプトームは、重度の 新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) に罹患している人の肺の T 細胞とは大きく異なります。 免疫細胞は、さまざまな健康上の問題に応答するために、さまざまなゲノム配列を転写する必要があります。 これらのトランスクリプトームを比較することで、研究者は、細胞が重篤な感染症と戦うためにどのタンパク質を使用しようとしているのかを知ることができるかもしれません。

実際、Nanostring GeoMx DSP は、生物のトランスクリプトーム全体を調査するのに十分強力であり、人間やマウスが作成する事実上すべてのトランスクリプトを明らかにします。 この種の広範で偏りのないプローブは、免疫応答の新たな予期せぬ側面を明らかにするために重要です。

Nanostring GeoMx DSP を使用すると、アラルコン氏と同僚は、キム氏とミクルスキー氏が特定した細胞を採取し、細胞内レベルでトランスクリプトームを研究する科学者を支援することができます。 その結果、細胞が病気の過程にどこで、どのように反応するかを正確に明らかにできる可能性があります。

「これは私たちにとって非常に興味深いものです。なぜなら、2 つ以上の LJI コアが連携して動作する必要があるからです」と Alarcón 氏は言います。

「私たちは皆、ここの研究室が空間オミクスの分野に参入できるよう支援することに非常に興奮していると思います」とキム氏は付け加えた。

これら 3 つのコアは現在、LJI の科学者が研究で Nanostring GeoMx DSP を使用できるようにトレーニングしています。 いつものように、これらのコア ディレクターとそのスタッフが質問に答え、データ収集のガイドを支援します。

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